Die Magnetresonanztomographie kann zur Diagnostik verschiedener Gelenkerkrankungen eingesetzt werden. Zudem wird sie bei Erkrankungen und Verletzungen der Wirbelsäule wie Bandscheibendegenerationen, Bandscheibenvorfällen , intra- oder extraaxialen Spinaltumoren, Entzündungen, neurologischen Erkrankungen des Rückenmarks (Myelopathien) und Rückenmarkspalten, Syringomyelien, anatomischen Variationen und Fehlbildungen, Spinalkanalstenosen (Verengungen des Wirbelkanals), Spondylolisthesis (Wirbelgleiten) und Wirbelkörperfrakturen angefertigt. Auch bei Arthrose ist die MRT als Diagnoseverfahren im Einsatz, ebenso wie bei musculo-skelettalen Tumoren, wie z. B. Sarkomen und Entzündungen.
Zudem kann die Magnetresonanztomographie bei Entzündungen, Degenerationen und Rupturen von Sehnen bei der Diagnosestellung helfen. Auch bei einem Kreuzbandriss oder einer Verletzung der Menisken kann die MRT zur Abklärung eingesetzt werden.