Im Bereich des Magens wird die Magnetresonanztomographie zur bildlichen Darstellung der Gallenwege (Cholangiographien) und der Gallenblase herangezogen.
Zur Diagnosesicherung der chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen Morbus Crohn und Colitis ulcerosa wird üblicherweise eine Darmspiegelung durchgeführt. Zusätzlich erfolgt beim Morbus Crohn eine Magenspiegelung und eine Untersuchung des Dünndarms, z. B. im Rahmen einer Kernspintomografie. Veränderungen der Dünndarmwand, die zum Beispiel auf die chronisch entzündliche Darmerkrankung Morbus Crohn hinweisen können, können mit Hilfe einer neuen Technik, des sogenannten MR-Sellink dargestellt werden, der ebenfalls ein Verfahren der Magnetresonanztomographie ist. Zuvor wurde diese Untersuchung in der konventionellen Röntgendiagnostik durchgeführt und war oft mit einer nicht unerheblichen Strahlenbelastung verbunden. Durch Verlagerung großer Teile der Untersuchung in die MRT kann wesentlich Strahlung gespart werden.
Der Verdacht auf einen Lebertumor kann meist schon durch den Ultraschall gestellt werden.
Durch die Gabe eines Kontrastmittels kann der Tumor besser charakterisiert, manchmal sogar schon eine Diagnose gestellt werden. Weiterführende Untersuchungen sind die Computertomografie und die Kernspintomografie. Lässt sich hieraus noch keine eindeutige Diagnose ableiten, ist vor der Einleitung von Therapiemaßnahmen eine Punktion der Leber erforderlich.
Die MRT kommt auch bei Bauchfellkrebs zum Einsatz.
Im Bereich der Gallengänge kommt die Kernspintomographie bei so gut wie allen Fragestellungen – vor allem Tumoren, Entzündungen und Gefäßfehlbildungen – zum Einsatz.